До создания комбинаций, создайте группу атрибутов - Группа: Размер
Создайте атрибуты для этой группы - S,M,L
В товаре в Комбинации, выберите Группу, Атрибут.
Нажмите Добавить.
Выберите действие - Увеличить и введите количество.
Повторите для каждого размера.