Самый простой способ выгрузка в excel. Можно связать с erp или cmr системой. Есть бесплатные, такие как OpenERP. Для prestashop есть бесплатный модуль синхронизации с этой системой.
В OpenERP есть модули: CRM, Производство, Логистика, Бухгалтерия, Финансы, Управление персоналом, Управление проектами...
Поставил несколько CRM, Бухгалтерия, Финансы, синхонизировал, и получай отчеты за день, месяц, квартал, год.
Способов много, тут каждый решает сам. 1C пользуются не из-за того, что самый лучший и удобный способ, а потому что на предприятии уже стоит 1С управление торговлей и не нужно другие системы добавлять.