Спасибо, просто немного недопонял когда прочел.
Т.е. если у меня сам файл одинаковый как для яндекса, так и гугла, а отличия только в файле сайтмап, то я составляю файл следующим образом.
User-agent: *
Текущее содержимое
sitemap: sitemap1.xml
User-agent: Yandex
Текущее содержимое
sitemap: sitemap2.xml
Верно?