Вообщем, разобралась с доставкой. Чтобы не менять "страну" на что-то другое, как предлагал DarinSr (возможно, в будущем будет подключение др.стран и придется всё переделывать), оставила страна Россия. А далее, как сделала Ekaterina, прописала абсолютно одинаковыми области и зоны,т.е. каждой области А соответствует зона А. Все заработало. В моем случае, очень много вариантов доставки и несколько курьеров: Доставка Москва -Питер, пункты самовывоза Москва-Питер и некоторые отличающиеся от двух разных курьеров города Росии , доставка в регионы двумя разными курьерами. Ну а те покупатели, кто никуда не попадает по направлениям - выбирает Почта России.
Единственное, дабы не вводить покупателя в ступор и заставить сделать его правильный выбор, я изменила название графы Регион при регистрации адреса на Регион доставки.