Варианты всегда есть, зависит от степени автоматизации, сложности структуры, бюджета.
Альтернативных программ много, яндекс в помощь, форумы бухгалтеров.
buhsoft, dic, infin и т.д.
Какая версия prestashop, 1С? Какие данные (подробнее опишите, товар с атрибутами, характеристиками ...) для обмена?
Пишите в личку, договоримся.