Включить налог в стоимость:
Панель администратора > Локализация > Налоги
Опции налога
Для товара включить или выключить налог:
Панель администратора > Каталог > Товар > Редактировать
Цены: Налоговые правила
Для показа текста "с НДС" или "без НДС" в стандарной теме, в шаблоне
/themes/default/product.tpl
Раскомментируйте строки
{if $tax_enabled && ((isset($display_tax_label) && $display_tax_label == 1) OR !isset($display_tax_label))}
{if $priceDisplay == 1}{l s='tax excl.'}{else}{l s='tax incl.'}{/if}
{/if}
Для того чтобы можно было скачать товар (документ PDF) нужно создать его в форме "Виртуальный товар".
Для ссылок в меню на PDF документы нужно использовать дополнительный модуль или сделать отдельный блок со ссылками, закачать документы по FTP и указать ссылки на эти документы.