У скидок нужно устанавливать правила применения.
Скидки могут не учитывать другие скидки.
У вас 2 разные скидки от количества и на товар.
Лучше все делать в одном правиле.
В спец цене добавьте правило применить для N ...количества.
Или создайте правила корзины, каталога ...
Вариантов много.