Столкнулся с еще таким моментом: многие модули, например оплаты, используют статусы по умолчанию. При этом в их настройках нет выбора этих статусов.
Если удалить статусы по умолчанию - придется лезть в код этих модулей и указывать id новых нужныъ статусов вручную, т.к. модули перестают работать. Еще, сами модули помимо id находят статусы еще по каким-то параметрам(переменным), которых нет в настройках этих статусов. Т.е. если удалить статус по-умолчанию - просто создать точно такой же уже не получится. И без правки базы данных, подозреваю не обойтись....
В общем пока пришел к выводу, что лучше их не удалять, хотя бы в начале настройки магазина. Иначе - может вылезти головняк.