Для учета загрузки контента без перезагрузки страниц нужно изменить правила чпу.
В Яндекс.Метрики настроить поддержку ajax, отметить «Отслеживание хеша в адресной строке».
Вставить функцию yaCounter.hit, должна запускаться каждый раз, когда страница изменилась.