Протестировал несколько тем, ни в одной не пропадает товар при генерации миниатюр.
Тестировал на разных серверах, на шаред, на vps, на локальном, нет таких проблем.
Удание всех товаров происходит только при использовании модуля pscleaner. Может вы путаете этот модуль с генерацией миниатюр?
Настройки > Шаблоны
Устанавливаете новую тему - Кнопка Добавить шаблон
Настройки > Изображения
Пересоздать миниатюры
Удалить старые изображения Да, если будет белая страница, после Нет
Выбирайте "Нет", только если ваш сервер остановился, и вы должны возобновить пересоздание.
Настройки > Шаблоны
Переключате на новую тему.
Все товары наместе.