С нуля индексации не будет, будет переиндексация сайта, это большая разница.
Что точно будет, так это то, что сайт просядет. Со временем опять восстановится. Нужно только сделать все правильно и следить за сайтом.
Обновить нужно карту сайту, robots.txt, правила и исключения, которые создавали в кабинете вебмастера. В общем, делать рутинные работы по SEO и все будет ок.