Есть галочка "Удалить все комбинации перед импортом", а можно сделать чтобы удалялись только те комбинации которые есть в файле загрузки(файл с новыми комбинациями)
Например связь по артикулу (удалять те комбинации у которых артикул совпадает с артиколов в файле) комбинация же построчно загружается и можно проверять при загрузке построчно..
Знаю что нет такой возможности с коробки! Но думаю кто то делал такое...