При загрузке страницы фильтры сбрасываются. Отключите кешировани и ККК. Часто проблема в том, что тема не поддерживает фунции ККК.
Блок многоуровневой навигации - ИНДЕКСАЦИЯ И КЕШ - Переиндексировать ...Оно ?
Знак "#" у всех фильтров подставляется. Причина не в нем.Переиндексировать фильтры в модулях найди модуль Блок многоуровневой навигации и зайди в настройки.
Вам нужно найти и исправить ошибки в js функциях.