Если делать инструкции отдельным товаром, то придеться создавать Набор имеющихся товаров.
Реальный товар + Виртуальный товар (инструкция).
Тогда при покупки Набора покупателю придет в писме ссылка на инструкцию.
С модулем Files Upload тоже не все гладко. Заказчик должен будет в модуле регулировать какой файл для какого товара.
Если вы хотите сделать под заказчика, который не хочет никаких дополнительных действий, штатными средствами не обойтись
Вам нужно переопределить контроллеры товара админки и фронтенда. Добавить проверку на зарегисрирован пользователь или нет, плюс статус заказ, в который входит этот товар. Тогда заказчик приклепляет файл как обычно, а клиент его может увидеть только после оплаты.