Пользуйся модулем gsitemap, он не обновляет htaccess.
Нет в этом модуле функции замены htaccess. В createIndexSitemap создание файлов карты сайта и больше ничего.
Обновить можно отсюда - https://github.com/PrestaShop/gsitemap
Стандарный модуль gsitemap не обновляет файл htaccess. Нет такой проблемы в prestashop.Проверяйте свой хостинг, крон задания, мониторинг измения файлов, в общем, все задания что вы создавали на хостинге.