Тормозит твой сайт в Chrome, скроллинг дерганный. Для скролинга, чтобы был плавный скролл страниц, используй plugins-scroll. Можно для плавности использовать анимацию, Animate / Waypoints - плагины для анимации на страницы при скролле.
ККК бывает тормозит сайт при включении. Эти функции нужно тестирорвать, делать замеры до и после.
Скрипты перемещают в шаблон footer.tpl. Все как в оптимизированной верстке, только шаблоны prestashop. Разметку в header.tpl, общий файл стилей компилируется при первой загрузке, прелоадер для всех страниц, фоллбек для SVG изображений, подключаемых тегом img часть скриптов хранит данные в localstorage и т.д. Проблема в том, что темы бывают такие, что их проще заменить, чем переделать.