Ссылки должны одинаково работать со всеми идексами. Так работает стандарный модуль в prestashop 1.6 со стандарной темой.
Если у вас модуль и тема стандарные, то зайдите в настройки модуля Блок многоуровневой навигации, удалите старый шаблон, создайте новый, пересоздайте индексы, очистите кеш.