1. Переделываете метод assignSubcategories() в контроллере /controllers/front/CategoryController.php
Он возвращает только подкатегории у показанной категории. Вам нужно для каждой подкатегории выбрать все существующие под... категории (или определить уровень вложенности, до которого делать выборку).
Можно использовать рекурсивно тот же метод для каждой подкатегории.
2. Создать новый шаблон для подкатегорий.
Изменить шаблон /themes/ваша тема/category.tpl, заменив существующий вывод subcategories, рекурсивно подключать шаблон для подкатегорий.
3. Добавить новые правила стилей для выпадающего списка подкатегорий.