Нужно передаелать модуль blockcart.
Изменить шаблон /themes/default-bootstrap/modules/blockcart/blockcart.tpl. Всплывающее окно начинается с
<div id="layer_cart">
Добавить поле для вывода атрибутов типа select и кнопку Добавить в корзину.
Изменить файл /themes/default-bootstrap/js/modules/blockcart/ajax-cart.js, добавить обработчик кнопки из всплывающего окна. В нем удалить старую комбинацию товара, добавить новую.