Если хотите чтобы при обновлении модуля не удалились ваши изменения, вам тогда нужно сделать свой модуль.
Скопируйте модуль blocktopmenu, измеините название класса, таблицы и конфигурацилнные переменные (как это деалть есть на форуме).
В методах makeMenu, generateCategoriesMenu, getCMSMenuItems в классе модуля (/modules/blocktopmenu/blocktopmenu.php) измените структуру меню.