{if isset($subcategories) && $category->id != 'ид категории для которой не нужно показывать'}
В шаблоне category.tpl добавь ограничение для вывода, там где вывод подкатегориКод: [Выделить]{if isset($subcategories) && $category->id != 'ид категории для которой не нужно показывать'}
{if isset($subcategories) && ($category->id != 5 || $category->id != 10|| $category->id != 20)}