Вы изменили объект ajaxCart.add.Тогда нужно менять и описание объекта
add : function(idProduct, idCombination, addedFromProductPage, callerElement, quantity, whishlist, myvar, instructions, instructions_id){
передача в перемненной в контроллер корзины
$.ajax({
type: 'POST',
headers: { "cache-control": "no-cache" },
url: baseUri + '?rand=' + new Date().getTime(),
async: true,
cache: false,
dataType : "json",
data: 'controller=cart&add=1&ajax=true&qty=' + ((quantity && quantity != null) ? quantity : '1') + '&id_product=' + idProduct + '&my_var=' + myvar + '&token=' + static_token + ( (parseInt(idCombination) && idCombination != null) ? '&ipa=' + parseInt(idCombination): ''),
в контроллере корзины получите эту переменную.