В настройках модуля Блок многоуровневой навигации сделайте переиндексацию фильтров.
Включай отладчик javascript, у тебя ошибки в js, поэтому фильтры не работают.
В отладчике показывает описание ошибки, файл, строку в файле. По этим данным можно исправлять.
