Если при создании мультимагазинов указать общий склад, то количество будет общее. Если раздельные склады, то нужно укзать у второго магазина свое количество.
Добавить количество для второго магазина можно таким запросом
INSERT INTO `ps_stock_available` (`id_stock_available`, `id_product`, `id_product_attribute`, `id_shop`, `id_shop_group`, `quantity`, `depends_on_stock`, `out_of_stock`)
VALUES (...,...,..., ..., ..., ..., ..., ...);