Perl-скрипт подключать таким образом нельзя, так как его будет пытаться обработать PHP-интерпретатор. Как минимум нужно добавить shebang-конструкцию и сделать его исполняемым и запускать через system с указанием прямого пути до него - однако в этом случае запуск будет происходить вне CGI-пространства.
Наверное это вы не понимаете поставленой задачи или поставновка задачи не правильная. Понятно, что
Smarty - это компилирующий обработчик шаблонов для PHP.
Для Perl существует FastTemplate.
Как подключить файл вам написали, теперь нужно "смешать" php и perl.
Так как и Perl и PHP являются backend-ами и служат для решения одной и той же задачи на одном сайте, то можно организовать взаимодействие между сеансами выполнения Perl-скриптов и PHP-скриптов точно такое же как и между одними PHP-скриптами. Использовать сессии, за счет реализации соответствующей сериализации данных.
Как вариант, для запуска можно использовать или shebang-конструкцию с прямым выполнения Perl-скрипта или, для того чтобы задействовать CGI-интерфейс, настройки Apache для CGI-скриптов.
Сделать можно все что угодно - нужно только старание, терпение... только зачем?
У вас чисто теоритический интерес?