Подключение js в конце файла. Это оптимальный вариант.
Для повышения скорости загрузки страниц советы общие, как и для любого сайта.
Нужно оптимизировать тему, убирать лишний код, загружать только необходимые стили и js, js функции вынести в файлы, не вставлять в шаблоны. Если не помогает, перейти на более мощный хостинг или сервер, который настроен для работы с prestashop.
Тестируете сайт, выявляете что замедляет загрузку страниц, исправляете.