Нет это что то другое, посмотрел как на других сайтах выглядят ссылки букмарк:
javascript:addBookmark('http%3A//www.сайт где ссылка нормально работает.ru/',%20'%u0420%u0430%u0437%u043C%u0435%u0449%u0435%u043D%u0438%u0435%203d-%u043C%u043E%u0434%u0435%u043B%u0435%u0439%20%u0434%u043B%u044F%20%u043F%u0440%u043E%u0434%u0430%u0436%u0438.%20-%203d%20%u043C%u043E%u0434%u0435%u043B%u0438')
javascript:addBookmark('http%3A//сайт где ссылка отваливается.ru/',%20'%D0%94%D0%B8%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%BD%D1%82%2050%')
При этом код который формирует эти ссылки одинаковый.
Попробовал перенести файл blockpermanentlinks-header.tpl из PS 1.4.5.1 все равно букмарк отваливается под футер и выглядит это вот так:
<script type="text/javascript" src="/themes/default-bootstrap/js/modules/blocktopmenu/js/superfish-modified.js"></script>
<script type="text/javascript" src="/themes/default-bootstrap/js/modules/blocktopmenu/js/blocktopmenu.js"></script>
<script type="text/javascript">
var homeslider_loop=1;
var homeslider_width=779;
var homeslider_speed=500;
var homeslider_pause=3000;
writeBookmarkLink('http://мой сайт.ru/', 'titel', 'в закладки');
</script>
</body>
</html>
Код взят с главной страницы на других страницах он несколько иной.