Перегенерировать по частям можно в админке сайта, настройки>изображения.
Для перегенерации изображений с ватермарком можно по очереди выбрать сначала
товары потом производители, затем поставщики, предварительно надо определить
для каких изображений будет генерироваться ватермарк в папке modules, на мой
взгляд достаточно для home_default, large_default и thickbox_default. все другие
изображения слишком мелкие чтобы кого либо заинтересовать.
В вашем случае ставьте ватермарк для тех изображений размер которых превышает 200х200px.