Вы и так скроете их только в одном блоке, в модуле в котором добавите это правило.
Например, добавили в blocktopmenu, то эти категории не будут показанны в горизонтальном меню, а в блоке категорий в левой/правой колонке они будут показанны. Если добавите в модуль Блок категорий, то в горизонтальном меню они будут показанны, а в блоке категорий нет.
Что везде не показывать эти категории, нужно будет добавлять исключение во многих файлах.
Для blocktopmenu в файле /modules/blocktopmenu/blocktopmenu.php добавляете код в функцию generateCategoriesMenu.