Модули (шаблоны), темы, стили, js - все это находиться в папке
Для 1 магазина - themes/myshop1/...
Для 2 магазина - themes/myshop2/...
Нет шаблонов модулей, не будет показан блок.
Для гор.меню, нужно указать пункты для каждого магазина. Если есть дубли, значит категории отмечены несколько раз. Проверить нужно в настройках и удалить лишнии.