Столкнулся с такой же проблемой, решил её так.
1. Экспортировал свои категории с сайта в файл
2. Удалил категории на сайте.
3. В файле экспорта изменил ID категорий на те, которые мне нужны, которые в файле экспорта с товарами (можно и наоборот, но 5к товаров, проще править категории)
4. Экспортировал изменённые категории, нажав галочку "принудительная нумерация".
Готово. У нас есть категории с теми же ID, как и в файле экспорта для товаров.