Настраивается в модулях. Выбираете модуль многоуровневой навигации, нажимаете настроить.
Откроется страница с настойками, там можно добавить фильтры, указать показывать или нет фильтры, если количестов товаров 0.
После добавления фильтров нужно сделать индексацию.