Модули все установлены и активированы ?
Модйль "Top horizontal menu" активирован и настроен ?
В новой теме есть свои блоки, которые похожи с блоками старой темы.
Например, ссылки в верху. В нойой теме для них модуль - "[Prestashop New Theme] Permanent links block". Отулючите старый модуль, чтобы не повторять вывод ссылок. Таких повторений несколько, проверьте, может у вас поэтому проблемы.
Попробуйте подключать по одному. Возможно ошибка в каком-то модуле, а не во всей теме.