Размеры изменяются атоматом под лого, можно поставить в ручную в шаблоне. А положение меняется в файле стилей.
В шаблоне header.tpl
<a id="header_logo" href="{$base_dir}" title="{$shop_name|escape:'htmlall':'UTF-8'}">
<img class="logo" src="{$logo_url}" alt="{$shop_name|escape:'htmlall':'UTF-8'}" {if $logo_image_width}width="{$logo_image_width}"{/if} {if $logo_image_height}height="{$logo_image_height}" {/if} />
</a>
В файле стилей global.css
#header_logo {
position: absolute;
top: 30px;
z-index: 1;
}