Disallow: /cart.php
Для индексации страницы запрещены, но не для построения карты сайта.
Это разные пункты в инструментах вебмастера.
В карте показываются все страницы для анализа, а в поиске участвуют только те, что разрешены.
Яндекс эти страницы в поиске не показывает, стоит "0".
Все нормально, ничего не делайте.