На скорость влияет ограничения и конф. хостинга. Не только размер выделенной памяти, но остальные ресуры процессорное время и т.д. Разбивать нужно на партии по 10, 50, 100 ... тестировать, так установишь какой объем данных можно без проблем загружать.
Или используй модуль для импорта/экспорта, в котором можно регулировать сколько грузить, разбить по времени и т.д. (бесплатных не встречал).