Так выключить чпу можно и проверить. Если будет работать, то проблема в htaccess.
Но это не от Cpanel2, это панель управления хостингом, удобный в использовании веб-интерфейс. Это не сам веб-сервер.
А htaccess - служебный файл веб-сервера Apache, предназначен для управления конфигурацией сервера.
Конф. хостинга какая? Apache, nginx?