Собственно я уже нашел решение.
То, что вы советуете верно. Но 1.5 создает магазины для одного собственника, я же пробую разобраться в функционале модуля, который позволяет создавать мультиселлер, автономных продавцов и каждому свой виртуальный магазин. В документации модуля оговорено, что после его установки, стандартная возможность мультишопа становится disable. Понятно, я воспринял это как и отключение функции установки индивидуального шаблона на каждый шоп, так как она именно там встроена. Поэтому искал альтернативный вариант переключения дизайна. Но переписка с разработчика разъяснила, что disable касается смысла (принципа работы) стандартного модуля, но не его других возможностей.
