Если меню (раскрыто / свернуто), то учитывать нужно обработку js, файл treeManagement.js
Не получается сделать так, как написано выше, попробуйте вставить линк на главную отдельно и стилями привести его к одному виду.
<!-- Block categories module -->
<div id="categories_block_left" class="block">
<h4>{l s='Categories' mod='blockcategories'}</h4>
<div class="block_content">
<ul class="мой класс">
<a href="{$base_dir}" title="Home">Home</a>
</ul>
<ul class="tree {if $isDhtml}dhtml{/if}">
......